一、 光學顯微鏡正確安裝的問題
使用顯微鏡前，首先要把顯微鏡的目鏡和物鏡安裝上去。目鏡的安裝極為簡單，主要的問題在于物鏡的安裝，由于物鏡鏡頭較貴重，萬一學生安裝時螺紋沒合好，易摔到地上，造成鏡頭損壞，所以為了保險起見，強調學生安裝物鏡時用左手食指合中指托住物鏡，然后用右手將物鏡裝上去，這樣即使沒安裝好，也不會摔到地上。
二、正確對光的問題
對光是使用顯微鏡時很重要的一步，有些學生在對光時，隨便轉一個物鏡對著通光孔，而不是按要求一定用低倍鏡對光。轉動反光鏡時喜歡用一只手，往往將反光鏡扳了下來。所以教師在指導學生時，一定要強調用低倍鏡對光，當光線較強時用小光圈，平面鏡，而光線較弱時則用大光圈，凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動，當看到均勻光亮的圓形視野為止。光對好后不要隨便的移動顯微鏡，以免光線不能準確的通過反光鏡進入通光孔。
三、正確使用準焦螺旋的問題
使用準焦螺旋調節焦距，找到物象可以說是顯微鏡使用中zui重要的一步，也是學生感覺zui為困難的一步。學生在操作中極易出現以下錯誤：一是在高倍鏡下直接調焦;
二是不管鏡筒上升或下降，眼睛始終在目鏡中看視野；三是不了解物距的臨界值，物距調到 2 ～
3厘米時還在往上調，而且轉動準焦螺旋的速度很快。前兩種錯誤結果往往造成物鏡鏡頭抵觸到裝片，損傷裝片或鏡頭，而第三種錯誤則是學生使用顯微鏡時zui常見的一種現象。針對以上錯誤，教師一定要向學生強調，調節焦距一定要在低倍鏡下調，先轉動粗準焦螺旋，使鏡筒慢慢下降，物鏡靠近載玻片，但注意不要讓物鏡碰到載玻片，在這個過程中眼睛要從側面看物鏡，然后用左眼朝目鏡內注視，并慢慢反向調節粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看到物像為止，同時向學生說明一般顯微鏡的物距在1 厘米 左右，所以如果物距已遠遠超過 1 厘米，但仍未看到物象，那可能是標本未在視野內或轉動粗準焦螺旋過快，此時應調整裝片位置，然后再重復上述步驟，當視野中出現模糊的物象時，就要換用細準焦螺旋調節，只有這樣，才能縮小尋找范圍，提高找到物象的速度。
四、物鏡轉換的問題
使用低倍鏡后換用高倍鏡，學生往往喜歡用手指直接推轉物鏡，認為這樣比較省力，但這樣容易使物鏡的光軸發生偏斜，原因是轉換器的材料質地較軟，精度較高，螺紋受力不均勻很容易松脫。一旦螺紋破壞，整個轉換器就會報廢。教師應指導學生手握轉換器的下層轉動扳轉換物鏡。
五、光學玻璃清洗的問題
光學玻璃用于儀器的鏡頭、棱鏡、鏡片等。在制造和使用中容易沾上油污、水濕性污物、指紋等，影響成像及透光率。清洗光學玻璃，應根據污垢的特點、不同結構，選用不同的清洗劑，使用不同的清洗工具，選用不同的清洗方法。清洗鍍有增透膜的鏡頭，如照相機、幻燈機、顯微鏡的鏡頭，可用20% 左右的酒精和 80%左右的酒精配置清洗劑進行清洗。清洗時應用軟毛刷或棉球沾有少量清洗劑，從鏡頭中心向外做圓運動。切忌把這類鏡頭浸泡在清洗劑中清洗，清洗鏡頭時不要用力擦拭，否則會損傷增透膜，損壞鏡頭。
清洗棱鏡、平面鏡的方法，可依照清洗鏡頭的方法進行。
使用上述清洗劑也能清洗光學玻璃上的油脂性霧、水濕性霧和油水混合性霧，其清洗方法和清洗鏡頭的方法相似。
光學玻璃表面發霉，是一種常見現象。當光學玻璃生霉后，光線在其表面發生散射，使成像模糊不清，嚴重者將使儀器報廢。光學玻璃生霉的原因多是因其表面附有微生物孢子，在溫度、濕度適宜，又有所需“營養物”時，便會快速生長，形成霉斑。對光學玻璃做好防霉防污尤為重要，一旦產生霉斑應立即清洗。
